在进一步拓展开放的广度和深度的道路上，厦门加快了自贸区建设的步伐。2013年，厦门自贸区总体方案已上报到国务院，并由国务院批转到商务部办理。
在厦门空港货运联检报关中心，报关员小陈帮一家企业报关。海关工作人员接单后，扫描报关单上的条形码，通过电脑审核报关单。不到几秒钟，审核通过，在报关单上盖章后这票货物就能放行。从接单到放行整个过程不超过2分钟。
金宝瑞报关陈英文接受记者采访时说，我早上9点领到单。大概在11点半就可以报关放行。即便办查验半天也可以完成。速度比以前快很多。以前时间大概在一天左右。
这几年，厦门海关不断推出新举措，提高通关效率。特别是去年，市委十一届六次全会作出推进自贸区建设的部署，其中一项工作是要探索特殊监管区内货物在各海关特殊监管区之间和跨关区之间的便捷流转，推进建立统一高效的口岸联检机制。为此，厦门口岸单位很快就行动了起来。去年年底，厦门海关连续推行关检合作“三个一”试点和“属地申报、属地放行”的新模式，企业的通关效率再次提速。
厦门高崎机场海关查验科副科长曾海涛介绍称，“三个一”是一次申报一次查验一次放行。能够减少企业在海关和检验检疫局之间的往返的过程。“属地申报”属地企业如果要在其口岸海关进行申报，只要在向主管海关进行报关单的申报和投递在实际进出口口岸进行货物验放。这样可以做到足不出省、足不出市把进出口流程完成。
通关效率的提高将为厦门建设自贸区打下了基础，在此基础上，几个海关特殊监管区的整合工作也在加紧进行，厦门建设自贸区行动的步步推进。厦大学者唐永红认为，在经济全球化以及中国不断扩大改革开放的新形势下，厦门建设自贸区是必然趋势，也是厦门经济特区发展转型的重要机遇。
厦门大学台湾研究院经济研究所所长唐永红认为，我们现在借助这个自贸区来加以先行先试，也是摸着石头过河来推进下一阶段的自由化。相信会为厦门经济特区的转型发展，包括在体制改革和对外开放以及对台工作方面发挥进一步先行先试作用，创造一个新的平台。
唐永红认为，自贸区建设长远而艰难，其中一个重要原因是自贸区建设缺乏特殊立法，特殊组织保障和特殊政策“三位一体”的中央层面的顶层设计。上海自贸区在特殊组织保障上已经走出了第一步，厦门应该拿出魄力，利用自身优势在特殊立法上先行先试。
厦门大学台湾研究院经济研究所所长唐永红还认为，厦门本身有地方立法权，特区立法权。它本身可以先做一些规划，把关于自贸区立法规划也做一个先行先试，作为将来在全大陆层面关于自贸区立法的一个参考。
