可以说，无论是大学城南屿板块还是城南板块，交通问题都是他们共同面对的大问题。但后者凭借着地铁线的修建，未来很可能会有大地改观。地铁1号线城南板块的站点基本沿着福峡路延伸，从白湖亭开始，设有葫芦阵、黄山、排下、城门、胪雷、火车南站等多个站点。地铁运量大，速度快，势必分流大量人流，同时按照国际经验，地铁线往往还能带动周边物业的升值与保值。
尽管往大学城南屿板块的要道比如金山大桥也进行了复线建设，但其通行能力与地铁线差之千里，这也是为何福州已经着手进行地铁2号线的建设。尽管地铁2号线也将串起大学城南屿与市区，但就目前一号线的建设速度来看，地铁2号线的通车遥遥无期。
另外，城南板块依托火车南站与汽车南站，同时距离飞机场、海港码头很近，立体化交通辐射范围更广，通达度更高，而上街南屿一带，仅有汽车西客站，可以说城南板块在交通方面更胜一筹。
规划：福州新中心城南板块规划高 大学城上街板块开发
那么从规划上看，这两个板块又有什么差异?根据福州市城市总体规划(2011—2020)，大学城南屿板块同南通板块将形成一个上街——南屿——南通组团，其中南屿将与南通板块规划人口26万人，建设用地36平方公里，建成为科技研发、创新产业基地和综合型生活新城。加强与上街大学城、青口汽车城联动发展，建设海西高新技术产业园和生物医药与机电产业园;利用大樟溪、旗山风景区资源，建设生态型旅游休闲服务区。
